Atık suyun içerisinde bulunan kirletici maddeler mikroorganizmalar tarafından parçalanarak karbondioksit ve suya dönüşmektedir. Parçalama işlemi sonunda temizlenmiş olan atık su üstte kalırken mikroorganizmalar dibe çökerler. Bu sisteme aktif çamur sistemi de denilmektedir. Ülkemizde kullanılan en yaygın biyolojik arıtma sistemi aktif çamurdur.